Nie wiem czy dobrze zrozumiałem ale chodzi ci chyba o palety kolorystyczne z których korzysta GIMP. Niestety tego nie da sie naprawić ponieważ program został już tak stworzony ale prawdopodobnie w następnych wersjach autorzy postarają się tą niedogodność wyeliminować. Jeśli zależy ci na łatwiejszej pracy z kolorami pobierz sobie np. Photoshopa.
Masz tu link do Gimpa, ja z niego korzystam i wszystko jest ok.
GIMP